已测序真核生物基因组列表包括所有已知的,可以公开获取已组装、注释和发表的细胞核和细胞器基因组序列的真核生物;基因组草图不包括在内,只有细胞器序列的物种也不包括。
1977年,第一次出现DNA测序。1995年,细菌流感嗜血杆菌第一个完成了全基因组序列。1996年,酿酒酵母是第一个发布的真核生物基因组序列。1998年,发布了第一个多细胞真核生物基因组序列,秀丽隐杆线虫。
原生生物
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植物
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物种学名 | 类型 | 关联 | 基因组大小 | 预测的基因数 | 机构 | 完成年份 |
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Arabidopsis thaliana 生态型:哥伦比亚 |
拟南芥 | 模式植物 | 119 Mb | 25,498,[1]27,400,[2]31,670 (UniProt) | Arabidopsis Genome Initiative[3] | 2000[1] |
Cyanidioschyzon merolae Strain:10D |
红藻 | 单细胞真核生物 | 16.5 Mb | 5,331[4] | University of Tokyo, Rikkyo University, Saitama University and Kumamoto University | 2004[4] |
Oryza sativassp ssp indica |
大米 | Crop and model organism | 420 Mb | 32-50,000[5] | Beijing Genomics Institute、浙江大学、中国科学院 | 2002[5] |
Ostreococcus tauri | 绿藻 | 单细胞真核生物,基因组较小 | 12.6 Mb | 7,969 (UniProt) | Laboratoire Arago | 2006[6] |
Populus trichocarpa | Balsam poplar or Black Cottonwood | 固碳模式植物,商业木材and comparison to A. thaliana | 550 Mb | 45,555[7] | The International Poplar Genome Consortium | 2006[7] |
真菌
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物种 | 纲 | 意义 | 基因组大小 | 预测基因数目 | 完成机构 | 完成年份 |
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酿酒酵母 Saccharomyces cerevisiae 品系:S288C |
酵母菌纲 | 用于酿造啤酒的酵母;常用的模式生物 | 12.1 Mb | 6,294[8] | 大规模国际合作项目[9] | 1996[8] |
家兔脑胞内原虫 Encephalitozoon cuniculi |
微孢子虫纲 | 人类病原体 | 2.9 Mb | 1,997[10] | Genoscope和Université Blaise Pascal | 2001[10] |
粟酒裂殖酵母 Schizosaccharomyces pombe 品系:972h- |
裂殖酵母纲 | 模式生物 | 14 Mb | 4,824[11] | 桑格研究所和冷泉港实验室 | 2002[11] |
粉色面包霉菌 Neurospora crassa |
粪壳菌纲 | 模式生物 | 40 Mb | 10,082[12] | Broad Institute、俄勒冈健康与科学大学、肯塔基大学和堪萨斯大学 | 2003[12] |
黄孢原毛平革菌 Phanerochaete chrysosporium 品系:RP78 |
伞菌纲 | 木材腐朽真菌;常用于真菌修复 | 30Mb | 11,777[13] | Joint Genome Institute | 2004[13] |
动物
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参见
参考资料
- ↑ 1.0 1.1 The Arabidopsis Genome Initiative,. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana. Nature. 2000-12, 408 (6814): 796–815. PMID 11130711. doi:10.1038/35048692.
- ↑ Ensembl entry. [2012-03-08].
- ↑ Arabidopsis Genome Initiative
- ↑ 4.0 4.1 Matsuzaki M; Misumi O; Shin-I T; et al. Genome sequence of the ultrasmall unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 10D. Nature. 2004-04, 428 (6983): 653–7. Bibcode:2004Natur.428..653M. PMID 15071595. doi:10.1038/nature02398. 已忽略未知参数
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(帮助) - ↑ 5.0 5.1 Goff SA; Ricke D; Lan TH; et al. A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica). Science. 2002-04, 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Sci...296...92G. PMID 11935018. doi:10.1126/science.1068275. 已忽略未知参数
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(帮助) - ↑ Derelle E; Ferraz C; Rombauts S; et al. Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features. PNAS. 2006-08, 103 (31): 11647–52. Bibcode:2006PNAS..10311647D. PMC 1544224 . PMID 16868079. doi:10.1073/pnas.0604795103. 已忽略未知参数
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(帮助) - ↑ 7.0 7.1 Tuskan GA, Difazio S, Jansson S; et al. The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray). Science. 2006-09, 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Sci...313.1596T. PMID 16973872. doi:10.1126/science.1128691.
- ↑ 8.0 8.1 Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, et al. Life with 6000 genes. Science. 1996-10, 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Sci...274..546G. PMID 8849441. doi:10.1126/science.274.5287.546.
- ↑ International Collaboration for the Yeast Genome Sequencing
- ↑ 10.0 10.1 Katinka MD, Duprat S, Cornillot E, et al. Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi. Nature. 2001-11, 414 (6862): 450–3. PMID 11719806. doi:10.1038/35106579.
- ↑ 11.0 11.1 Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA, et al. The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe. Nature. 2002-02, 415 (6874): 871–80. PMID 11859360. doi:10.1038/nature724.
- ↑ 12.0 12.1 Galagan JE, Calvo SE, Borkovich KA, et al. The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa. Nature. 2003-04, 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003Natur.422..859G. PMID 12712197. doi:10.1038/nature01554.
- ↑ 13.0 13.1 Martinez, Diego; Larrondo, Luis F; Putnam, Nik; Gelpke, Maarten D Sollewijn; Huang, Katherine; Chapman, Jarrod; Helfenbein, Kevin G; Ramaiya, Preethi; et al. Genome sequence of the lignocellulose degrading fungus Phanerochaete chrysosporium strain RP78. Nature Biotechnology. 2004, 22 (6): 695–700. PMID 15122302. doi:10.1038/nbt967.
外部链接
- Diark - a resource for eukaryotic genome research
- EMBL-EBL Eukaryotic Genomes
- UCSC Genome Browser
- International Sequencing Consortium - Large-scale Sequencing Project Database
- Ensembl The Ensembl Genome Browser (includes draft and low coverage genomes)
- Fungal Genome Initiative (includes draft genomes)
- GOLD:Genomes OnLine Database v 3.0
- SUPERFAMILY comparative genomics database Includes genomes of all completely sequenced eukaryotes, and sophisticated datamining plus visualisation tools for analysis
- Rat Genome Database